Soil microorganisms found in agricultural residues and the
so-called efficient microorganisms (EM) are attractive for
their potential applications and benefits in the bioremediation
of complex ecosystems. However, the knowledge about Who is
doing what?, as well as the trophic interaction in those communities
that explain its benefits are limited; a better understanding
of this microbiome is needed to explain its benefits.
The objective of this research was to characterize the microorganisms
isolated from two soil communities and the efficient
microorganisms obtained in laboratory (EM16 consortium),
taking into account physico-chemical characteristics, diversity,
quantification, and taxonomic identification through microbiological
and molecular techniques. A microbiological analysis
was performed according to the morphological characteristics
of the colonies as well as the study of the dynamics and taxonomic
identification of the microbial populations through the
TRFLP and Ion Torrent techniques. The diversity, dynamics,
and taxonomic identification achieved in these studies showed
the prospects for using these soil EM in bioremediation, considering
the diverse metabolic pathways that these species have
and their symbiotic interactive potential for biodegradation of
lignocellulosic-resilient compounds. This study provides the
first molecular characterization of the EM (EM16 consortium)
and soil isolates from agricultural residues (sugarcane crop and
bamboo field). The results suggest that the use of microbiological
and molecular tools in a polyphasic approach allows the
complete characterization of non-cultivable microorganisms
that could contribute to sustainable environmental management
and crop production.
Los microorganismos del suelo que se encuentran en los residuos
agrícolas y los llamados microorganismos eficientes
(ME) son atractivos por su potencial aplicación y beneficios
en la biorremediación de ecosistemas complejos. Sin embargo,
el conocimiento sobre ¿Quién hace qué?, así como la
interacción trófica en esas comunidades que explican sus
beneficios son limitados; se necesita una mejor comprensión
de este microbioma que explique sus beneficios. El objetivo
de esta investigación fue caracterizar los microorganismos
aislados de dos comunidades de suelo y los ME obtenidos en
el laboratorio (consorcio EM16), teniendo en cuenta las características
físico-químicas, la diversidad, la cuantificación y la
identificación taxonómica mediante técnicas microbiológicas
y moleculares. Se realizó un análisis microbiológico según las
características morfológicas de las colonias, así como el estudio
de la dinámica e identificación taxonómica de las poblaciones
microbianas mediante las técnicas TRFLP e Ion Torrent. La
diversidad, dinámica e identificación taxonómica logradas en
este estudio mostraron las perspectivas para uso de estos ME
del suelo para la biorremediación, considerando las posibles
rutas metabólicas que tienen estas especies y su potencial de
interacción simbiótica para la biodegradación de compuestos
lignocelulósicos resistentes. Este estudio proporciona la primera
caracterización molecular de los ME (consorcio EM16) y de
aislados del suelo procedentes de residuos agrícolas (cultivo de
caña de azúcar y campo de bambú). Los resultados sugieren
que el uso de herramientas microbiológicas y moleculares en
un enfoque polifásico permite la caracterización completa
de microorganismos no cultivables que podrían contribuir a
la gestión ambiental sostenible y a la producción de cultivos.
